Археологический музей Костанайского государственного университета им. А.Байтурсынова действует при лаборатории археологических исследований университета, которая проводит свою работу с 1976 года. Основателем лаборатории, первым начальником сначала Кустанайской, а затем Тургайской археологической экспедиции является Логвин Виктор Николаевич (сейчас доктор исторических наук, профессор, заведующий научно-исследовательской лаборатории археологии Приобья Сургутского университета).

Находящиеся в витринах экспонаты были найдены сотрудниками лаборатории на территории Костанайской области. За это время было исследовано более двадцати археологических памятников Костанайской области разных эпох истории человечества – от мезолита до средневековья; открыты новые археологические культуры каменного века: маханджарская и терсекская. Экспонаты подготовлены в результате работы научных направлений:

  - Исследование памятников каменного века Тургайского прогиба (X-III тыс.до н.э.);

  - Изучение истории населения Казахстанского Притоболья в эпоху бронзы (III-II тыс. до н.э.).

В экспозициях музея представлена каждая археологическая эпоха края – начиная с древнекаменного века и до средневековья.

Экскурсии в археологическом музее

Большое внимание уделено  маханжарской культуре (неолит, 7 – 5 тыс. до н.э.) и терсекской культуре (энеолит меднокаменный век, 4 – 3 тыс. до н.э.).

Эпоха бронзы представлена Андроновской культурно-исторической общностью.

	Основными памятниками индоариев края являются могильники Бестамак, Халвай 3, Джагельды 5. Особенно ярко представлен погребальный обряд индоариев. Жемчужиной экспозиции музея является реконструкция женского андроновского погребального костюма и великолепные украшения из бронзы камня, пасты и кости

Эпоха Раннего железного века края связана с сарматскими и сакскими племенами, артефактам материальной культуры которых посвящена отдельная витрина.

Эпоха средневековья Торгая представлена погребальными памятниками и древнетюркскими изваяниями.

В работе лаборатории археологических исследований активное участие принимают студенты гуманитарно-социального факультета, которые ежегодно, в рамках археологической практики, помогают в исследованиях памятников и обработке материалов. При археологической лаборатории более двадцати лет существует археологический кружок, деятельность которого выходит за рамки университета, в его работе активное участие принимают не только студенты КГУ, но и учащиеся других учебных заведений г. Костаная и области.

В процессе работы в археологическом кружке ребята имеют возможность познакомиться и обменяться опытом с иностранными студентами, принять участие в международных археологических студенческих конференциях.

При исследовании археологического наследия края активно привлекаются зарубежные специалисты. Например, в 2006 году сотрудниками лаборатории археологических исследований и доктором Сандрой Олсен (Carnegie Museum of Natural History) был впервые применен метод магнитометрии при раскопках могильника Бестамак. В 2011 г. проведена совместная работа со  специалистами из Германского Музея Горного Дела города Бохум Т. Штолльнером, А.Гончаровым, М. Шильхтом по изучению металлических изделий памятников эпохи бронзы Торгая.
	Совместная работа с немецкими археологами 2011 год.