Учебный процесс в университете строится на основе достижений ученых, ведущих свои исследования по различным направлениям в лабораториях и на кафедрах факультетов. Мощный кадровый потенциал опытных  преподавателей подкреплен материальной базой, современными учебно-методическими разработками, богатым фондом учебников, монографий, литературы по большинству отраслей знаний.

Сегодня критерием качества профессионального образования является востребованность выпускников на рынке труда, в связи с этим подготовка современных специалистов требует создания принципиально новых форм организации учебного процесса.

В связи с этими, проводится целенаправленная работа по усилению практико-ориентированной направленности обучения. Новые формы совместного партнерства позволяют привлечь работодателей к подготовке кадров. Образовательные программы формируются по модульному принципу с учетом мнений работодателей и требований производства и рынка труда и ориентированы на конечный результат. Наши образовательные программы сформированы так, чтобы  максимально подготовить студентов к трудовой деятельности по выбранной специальности. Для подготовки специалистов используется современное оборудование и современные технологии предприятий, часть учебного процесса переносится непосредственно на производство. Мы не занимаемся трудоустройством выпускников «на выходе», а планомерно выстраиваем тесные взаимоотношения обучающихся с конкретными работодателями.

Важным в контексте реализации Государственной программы развития образования  является подготовка кадров с полиязычным образованием. В университете запущены пилотные образовательные программы по полиязычному образованию по шести специальностям бакалавриата и одной специальности магистратуры.

Знакомство с зарубежными инновационными образовательными программами и технологиями, интеллектуальным потенциалом лучших зарубежных университетов путём привлечения их ученых к преподавательской и научной деятельности - один из путей повышения конкурентоспособности вуза на рынке образовательных услуг. Участие Костанайского государственного университета в деятельности консорциумов европейских университетов напрямую способствует подготовке обучающихся к жизни и работе в условиях интеграционных процессов.