История факультета берет начало с 1966 года – с года создания на территории области Костанайского филиала Целиноградского сельскохозяйственного института. Первоначально был организован объединенный факультет (совместно со специальностью «Зоотехния»), который возглавил Нурмухамедов Базарбай Еликбаевич.

В 1974 году в связи с увеличением контингента студентов был создан самостоятельный агрономический факультет, деканом которого был назначен кандидат сельскохозяйственных наук Емнонов Юрий Иванович.

Неоценимый вклад в становление и развитие факультета внесли такие ученые и педагоги, как И.А.Денисов – д.с-х.н., профессор, Н.И.Мартыненко – к.с-х.н., заслуженный агроном Казахской ССР, основатель кафедры ботаники, Ю.С.Адомяко – к.с-х.н., заведующий кафедрой земледелия, А.П.Баталов – к.с-х.н., заведующий кафедрой почвоведения и агрохимии, кандидаты наук Г.Т.Полозов, А.Л.Молчанов, И.С.Бородкин, В.В.Мищенко, А.З.Ахметов, А.Г.Ванифатьев, Р.М.Валиев и другие.

Преподаватели агрономического факультета разных лет

Новые возможности и перспективы в развитии факультета открылись с 1978 года – года образования самостоятельного Кустанайского сельскохозяйственного института.

Переезд в город в новый учебный корпус с просторными светлыми аудиториями и кабинетами, обновление и пополнение материальной базы и, самое главное, создание учебно-опытного хозяйства – учхоза им. Ю.А.Гагарина и выделение факультету опытного поля площадью 200 га с комплексом техники, сельскохозяйственных машин, автобуса, зданий для лабораторий в поселке Садчиковка. Все это дало толчок к развитию факультета.

С 1982 года деканом факультета назначается кандидат с-х.наук, доцент Колсанов Георгий Васильевич, а с 1985 года – кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Мищенко Валерий Васильевич. В эти годы ученые факультета совместно со студентами активно занимаются научно-исследовательской работой на опытном поле. Для проведения мелкоделяночных опытов факультету приобретается специальная техника: чешский минитрактор, финский уборочный комбайн «Сампо» и многое другое.

Постоянно совершенствуется структура факультета. В 1985 году на факультете сформировано 6 профильных кафедр: ботаники и физиологии растений, почвоведения и агрохимии, кормопроизводства, общего земледелия, плодоовощеводства и защиты растений, растениеводства. В составе факультета трудятся опытные преподаватели: доктора наук – А.Н.Маланьин, А.И.Проценко, кандидаты наук – Т.М.Зоркина, И.А.Журковский, Ю.И.Емнонов, Ю.П.Тоболина, Е.В.Белоногов, Г.Т.Полозов, А.И.Манько, И.М.Волынчук, В.А.Браун, Л.М.Паталаха, И.С.Бородкин, А.З.Ахметов, Н.П.Кулаков, В.М.Распутин, Л.А.Сенькова, Ш.С.Жемпиисов, К.Ш.Оразбаев, С.Т.Бисембаев, Т.И.Чехова, Н.С.Наумов, М.П.Воробьев, М.П.Шилов, С.Б.Имуратов, Д.Т.Сейтказинов, Л.А.Тулеева, С.Б.Друскильдинов, Л.В.Клочко, другие опытные преподаватели – Р.Я.Герман, Н.Я.Ткаченко, З.С.Вакуленко, С.Г.Терпиловская, М.А. Шепелев, Н.И. Шилова, О.А Тырцева, Т.В.Атаманец и др. 

В 1988 году по инициативе и при непосредственном участии доктора биологических наук, профессора А.И. Проценко начинается создание энтомологического музея, ставшего в последствие гордостью факультета. Собранная при участии сотрудников музея и студентов богатейшая коллекция насекомых служит в настоящее время центром по изучению энтомофауны Костанайской области, научным и учебно-методическим центром при подготовке специалистов агрономов, биологов, экологов.

В 1993 году деканом факультета становится кандидат сельскохозяйственных наук Сейтказинов Дюсенбай Тимержанович.

В 2000 году сельскохозяйственный институт вошел в состав университета. В связи с этим проводится структурная организация: объединяются два факультета (агрономический и зооинженерный) в один агротехнический факультет, который возглавил доктор сельскохозяйственных наук Найманов Доскали Курмашевич. Расширился перечень специальностей. Начинается подготовка технологов по двум специальностям «Технология переработки зерна и хлебопекарного производства» и «Технология мясных и молочных продуктов», а также по специальностям «Стандартизация и сертификация сельскохозяйственной продукции», «Фермерское дело», «Селекция и биотехнология в растениеводстве».

Происходит изменение в составе и названии кафедр факультета. Все сельскохозяйственные специальности объединяются в единое образование в составе университета Аграрно-технологический институт, возглавил который доктор сельскохозяйственных наук Муслимов Бахытжан Муслимович.

В 2004 году при выделении из состава университета педагогического института на факультет передаются 3 специальности «Биология», «Химия» и «Экология и природопользование».

В 2006 году из состава факультета выделяют специальности «Зоотехния» и «Технология продовольственных продуктов», которые передаются в состав ветеринарного факультета. Деканом факультета назначается кандидат сельскохозяйственных наук Жарлыгасов Женис Бахытбекович.

С 2011 года факультет возглавляет кандидат биологических наук Чехова Татьяна Ивановна.

За время существования факультетом подготовлено большое количество выскопрофессиональных специалистов, работающих в агропромышленном комплексе, сфере образования, государственных структурах управления области и Республики Казахстан.

Длительное время в агропромышленном комплексе работают Буканов С.Б., Галанин С.М., Дихаев М.К., Яненко К.М., Шебеда В.И., Бердагулов М.А., Кузнецов А.А., Тулеубаев Т.Т. и многие другие.

Аман Е.И. является ответственным секретарем Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан, Нургалиев Ж.М. – депутатом сената парламента РК, Литовченко В.Г. и Исмуратов С.Б. – ректорами вузов. Многие выпускники факультета являются ответственными работниками и директорами различных предприятий.