Особенностью обучения в профильной магистратуре в рамках ГПИИР является практикоориентированность обучения.

В 2015 году КГУ имени А.Байтурсынова реализует 2 образовательные программы профильной магистратуры:

• Инновационное производство и автоматизация индустриальной техники;

• 
• Высокотехнологичное производство и безопасность продуктов питания.

Программа «Инновационное производство и автоматизация индустриальной техники» направлена на формирование у выпускника специальных компетенций, позволяющих ускоренно создавать и развивать машиностроение Республики Казахстан.  Для формирования компетенций программа включает в себя как общие образовательные модули, так и модули траекторий (автомобильная инженерия, сельскохозяйственное машиностроение, мехатроника).  Для интернационализации образования, обеспечения возможности знакомства с иностранными разработками в профильных областях часть дисциплин в 2015 году преподавали зарубежные учёные.

Программа «Высокотехнологичное производство и безопасность продуктов питания» формирует профессиональные компетенции, позволяющие с минимальными затратами и максимальной эффективностью производить продукты питания, исследовать и обеспечивать их безопасность. Программа состоит из общих модулей и модулей траекторий (инновационные технологии в производстве продуктов питания из животного сырья, инновационные технологии в производстве продуктов из растительного сырья, контроль и безопасность продуктов питания, безопасность зерна). Зарубежные учёные не только ознакомили участников программы с мировыми тенденциями в производстве продуктов питания и обеспечении их безопасности, но и предоставили преподавателям университета возможность повысить свою квалификацию.