Важней частью инфраструктуры Костанайского государственного университета им. А.Байтурсынова является его музейный комплекс.Первоочередной задачей музейного комплекса является пополнение, сохранение, изучение и экспонирование имеющихся и создание новых музейных коллекций с целью сохранения, приумножения и пропаганды культурно-исторических ценностей университета, формирования у студентов и сотрудников вуза чувства гордости и почтения к родному университету, поддержания имиджа КГУ как ведущего  регионального университета северного Казахстана.

Музейный комплекс осуществляет различные формы деятельности: культурно-просветительную, учебно-образовательную, научно-исследовательскую, музейно-фондовую. Музейные экспозиции, размещенные в разных учебных корпусах, выполняют единые задачи – являются наглядными пособиями к учебно-воспитательному и научному процессам, развивают интерес к краеведению, истории малой родины, формируют нравственные и патриотические чувства студентов.

Музейный комплекс КГУ разрабатывает и проводит обзорные и тематические лекции для посетителей разных категорий. Неотъемлемой задачей стала работа со школьниками старших классов школ, лицеев и гимназий города и области по их профессиональной ориентации (как возможных будущих абитуриентов КГУ).

Музейный комплекс университета представлен 5 музеями:

• музей истории КГУ им. А.Байтурсынова;
• музей имени Ахмета Байтурсынова;
• археологический музей;
• энтомологический музей;
• анатомический  музей.

Экспозиции музея истории КГУ им. А.Байтурсынова отражают историю развития университета, дают представление о научно-образовательной, культурно-просветительной и общественной сторонах деятельности университета с момента его основания до настоящего времени. В разделах музея представлены архивные документы, фотографии, газетные материалы прошлых лет, где показаны этапы становления и развития университета, рост его научно-педагогических кадров и материальной базы, представлены лучшие выпускники и преподаватели, добившиеся больших успехов в научной, педагогической, общественной, спортивной деятельности, ректорский корпус университета со дня его основания.  посмотреть подробнее »»» 

Особой гордостью университета является музей Ахмета Байтурсынова, который стал настоящим методическим центром для преподавателей и студентов. В музее собраны уникальные экспонаты из жизни Ахмета Байтурсынова, его творческого наследия. Посетителям здесь все интересно: и камень с могилы деда Байтурсынова – Шошака, и кирпич с фундамента родного дома Ахмета. Но самыми уникальными экспонатами музея являются трость, которой пользовался ученый, и его книги в оригинале.

Стало традицией проводить в музее яркие познавательные мероприятия – «Батурсыновские чтения», открытые уроки, лекции, «круглые столы», посвященные памяти выдающегося земляка   посмотреть подробнее »»»

Археологический музей университета содержит экспонаты, полученные в результате работы Тургайской археологической экспедиции, проводимой сотрудниками вуза начиная с 1976 года. За это время было исследовано более двадцати археологических памятников Костанайской области разных эпох истории человечества – от мезолита до средневековья; открыты новые археологические культуры каменного века: маханджарская и терсекская. Экспонаты подготовлены в результате работы научных направлений:

- Исследование памятников каменного века Тургайского прогиба (X-III тыс.до н.э.);

- Изучение истории населения Казахстанского Притоболья в эпоху бронзы (III-II тыс. до н.э.).

В работе лаборатории археологических исследований активное участие принимают студенты гуманитарно-социального факультета, которые ежегодно, в рамках археологической практики, помогают в исследованиях памятников и обработке материалов   посмотреть подробнее »»»

На аграрно-биологическом факультете КГУ функционирует уникальный энтомологический музей. Музей основан в 1988 году на общественных началах по инициативе и при непосредственном участии доктора биологических наук Александра Изосимовича Проценко (1925-2004). Это первый авторский музей насекомых, профиль которого определяется  сельскохозяйственной направленностью. Собранная за два десятилетия, богатейшая коллекция используется в учебном процессе, играя исключительную роль  наглядного пособия  для студентов.

В настоящее время энтомологический музей стал учебно-методическим и научным центром по изучению энтомофауны Костанайской области и является базой для специалистов, занимающихся энтомологией и защитой растений. В фондах музея хранится около 28 тысяч различных насекомых. Выставлено в экспозицию 874 вида, 1840 экземпляров, наиболее массовых и значительных   посмотреть подробнее »»»

Гордостью факультета ветеринарии и технологии животноводства является анатомический  музей, созданный руками сотрудников кафедры анатомии и физиологии животных (ныне – ветеринарной медицины). В музее имеется свыше 700 влажных и сухих экспонатов, из них около 30 скелетов животных, 200 экземпляров сухих препаратов. Здесь можно увидеть и такие уникальные экспонаты, как теленок с пятью ногами и многое, многое другое. Не  менее значительными  и уникальными являются здесь музейные экспозиции по паразитологии, где более 100 экземпляров являются уникальными по тематике исполнения   посмотреть подробнее »»»