Музей истории Костанайского государственного университета имени А.Байтурсынова был открыт в 1998 году по инициативе ректора университета академика Алдамжара З.А. в честь 125-летия со дня рождения Ахмета Байтурсынова. Первоначально музей истории КГУ был совмещен с музеем А.Байтурсынова и располагался в здании главного корпуса университета.

Почетную миссию открытия музея выполнил Министр образования и науки Республики Казахстан Кырымбек Елеуович Кушербаев.

Экспозиции музея истории КГУ им. А.Байтурсынова отражают историю развития университета, дают представление о научно-образовательной, культурно-просветительной и общественной сторонах деятельности университета с момента его основания до настоящего времени. В разделах музея представлены архивные документы, фотографии, газетные материалы прошлых лет, где показаны этапы становления и развития университета, рост его научно-педагогических кадров и материальной базы, представлены лучшие выпускники и преподаватели, добившиеся больших успехов в научной, педагогической, общественной, спортивной деятельности, ректорский корпус университета со дня его основания и до настоящего времени.

По инициативе и при непосредственно участии ректора КГУ Наметова А.М. в апреле 2010 года экспозиции по истории университета переводятся из главного корпуса университета в отдельное помещение и создается отдельный полноправный музей истории университета. Под музей был выделен отдельный этаж инфраструктуры актового зала университета. Экспозиции музея переоформлены с учетом современных возможностей и нового накопленного материала. Непосредственный исполнитель и заведующий музеем – Жақып Қалқаман Хасенұлы, кандидат философских наук, профессор.

Открытие обновленного музея было приурочено к 70-летию КГУ им. А.Байтурсынова. В торжественной обстановке 15 апреля 2010 года музей открыл аким Костанайской области Кулагин С.В. Музей истории университета собирает, хранит, изучает, систематизирует и экспонирует вещественные, письменные памятники, связанные с историей и сегодняшним днем Костанайского государственного университета имени А.Байтурсынова.

Год создания музея совпадает не только с 70-летием КГУ, но и еще с одним важным историческим событием – 65-летием победы в Великой отечественной войне. В связи с этим сотрудники музея постарались собрать подлинные архивные документы, раскрывающие архисложное положение студентов, преподавателей и сотрудников в военные и послевоенные годы, фотографии и архивные материалы бывших фронтовиков, которые получили высшее образование в Кустанайском педагогическом институте (родоначальнике настоящего университета) и впоследствии многие годы честно трудились во благо народа Казахстана.

Первый директор Кустанайского государственного учительского института, засл. учитель Каз. ССР Даулет Ибраев	Крупный организатор системы образования Кустанайский области, Герой социалистического труда Ахметгали Айтмуханбетов	Найденов Иван Пантелеевич	Белинская Ольга Лавреньтиевна	Мусакулов Талип
		Директора Кустанайского государственного учительского института  военных лет – 1941-1945 гг.
Шарипова М.Ш – выпускница 1942 г.	Сергазин Ибрай – выпуск 1945 г.	Выпускники Кустанайского государственного учительского института 1942 г.

Безусловно, с приобретением независимости Республики Казахстан в подготовке кадров для всех сфер общества потребовался иной подход. Как все это начиналось, как добивались того, что мы имеем сегодня, насколько за это время изменилось качество подготовки специалистов, насколько расширились международные связи КГУ, качественно и количественно вырос профессорско-преподавательский состав и т. д. – всё это и другие интересные исторические события нашли свое отражение в экспозициях музея.

При формировании экспозиций музея на первый план выдвигались наиболее важные события в истории вуза, связанные с ее созданием, реорганизацией и изменением статуса учреждения. Важное место в экспозиции отведено историческим личностям, которые стояли у истоков создания вуза, руководителям, ученым, известным выпускникам, обладателям спортивных достижении и т.д. Экспозиции музея истории университета охватывает период с 1920 годов прошлого столетия, с момента образования Кустанайского государственного учительского института, до наших дней. В целом музей истории университета состоит из четырех блоков. Первый блок включает логотип музея и крылатые фразы мыслителей разных эпох, касающиеся образования и науки.

В торой блок – история Кустанайского учительского и педагогического института, на базе которого был создан Костанайский государственный университет имени А.Байтурсынова. Здесь, в частности, размещены фотографии организаторов и первых руководителей учительского института и первых выпускников. Небезынтересны разделы музея, касающиеся истории Костанайского сельскохозяйственного института, который создавался преимущественно в «зерновом регионе» республики и впоследствии в 2000 году влился в состав университета. Этим разелам посвящен третий блок музея. Четвертый блок – история становления и развития Костанайского государственного университета им. А.Байтурсынова по сегодняшний день.

В разделах музея представлены 368 архивных документов, 636 фотографий и газетных материалов прошлых лет. В музее собрано немало медалей, кубков и грамот наших студентов, завоеванных на городских, областных, республиканских и международных соревнованиях по различных видам спорта. Здесь также представлены сувениры, подаренные гостями на праздновании 70-летия КГУ им А.Байтурсынова.

Главная задача, которую с честью выполняет музей – формирование у студентов историко-патриотической гордости за «Alma mater», чувства сопричастности к ее сегодняшним дням. Музей способствует формированию особого мировоззрения человека с высшим образованием, чувствующим свою причастность к ценностям и традициям той научной среды, к который каждый студент может приобщиться в годы учебы в вузе. Музей является связующим звеном между ветеранами и молодежью.

Вторая главная задача музея истории университета – осуществление научно-просветительской работы среди студентов, учащейся молодежи, населения области, направленной на пополнение исторических знаний, формирование положительного имиджа университета, содействие повышению его социального статуса.

Музей истории КГУ посетили многие известные государственные и общественные деятели, ученые, писатели, артисты. Среди них – Президент Республики Казахстан Нурсултан Абишевич Назарбаев, который трижды посещал университет  (1998,2000,2002 годы), и другие общественно-политические деятели нашего государства, а также гости из России, Америки, Венгрии, Великобритании, Польши, Германии, Италии, Кореи и других стран. Музей истории университета постоянно посещает школьники, учителя районов и городов области, а также студенты разных факультетов университета.