А. Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университеті инфрақұрылымының маңызды бөлігі оның мұражай кешені болып табылады. Мұражай кешенінің бірінші кезектегі міндеті университеттің мәдени-тарихи құндылықтарын сақтау, көбейту және насихаттау, университет студенттері мен қызметкерлерінде туған университетке деген мақтаныш пен құрмет сезімін қалыптастыру, Солтүстік Қазақстанның жетекші аймақтық университеті ретінде ҚМУ имиджін қолдау мақсатында бар мұражай коллекцияларын толықтыру, сақтау, зерделеу және экспонаттау және жаңа мұражай коллекцияларын құру болып табылады.

Мұражай кешені әртүрлі мәдени-ағартушылық, білім беру, ғылыми-зерттеу, мұражай және қордың қызмет түрлерін жүзеге асырады. Әр түрлі оқу ғимараттарында орналасқан мұражай экспозициялары жалпы міндеттерді орындайды - олар оқу және ғылыми процестерге көрнекі құрал болып табылады, өлкетануға, кішкентай отанымыздың тарихына қызығушылықты дамытады, оқушылардың адамгершілік және патриоттық сезімдерін қалыптастырады.

ҚМУ мұражай кешені әр түрлі санаттағы келушілер үшін шолу және тақырыптық дәрістер әзірлейді және өткізеді. Кәсіптік бағдар беруде мектептердің, лицейлердің және гимназиялардың жоғары сынып оқушыларымен жұмыс жасау (ҚМУ-тің мүмкін болашақ талапкерлер ретінде).

Университеттің мұражай кешенінде 5 мұражай бар:

А.Байтұрсынов атындағы ҚМУ тарихы мұражайы;

Ахмет Байтұрсынов атындағы мұражай;

археологиялық мұражай;

энтомологиялық мұражай;

анатомиялық мұражай.

А.Байтұрсынов атындағы ҚМУ тарих мұражайының экспозициясы университеттің даму тарихын бейнелейді, университеттің қалыптасу кезеңінен бастап қазіргі кезге дейінгі ғылыми, білім беру, мәдени, ағартушылық және әлеуметтік аспектілері туралы түсінік береді. Мұражай бөлімдерінде университеттің қалыптасуы мен даму кезеңдерін, оның ғылыми-педагогикалық құрамы мен материалдық базасының өсуін көрсететін мұрағаттық құжаттар, фотосуреттер, өткен жылдардағы газет материалдары, ғылыми, педагогикалық, қоғамдық, спорттық қызметте үлкен жетістіктерге жеткен үздік түлектер мен оқытушылар ұсынылған, университет ректорының корпусы негізі қаланғаннан бастап. толық мәлімет »»» 

Университеттің ерекше мақтанышы Ахмет Байтұрсыновтың мұражайы, ол мұғалімдер мен студенттер үшін нағыз әдістемелік орталыққа айналды. Мұражайда Ахмет Байтұрсыновтың өмірінен, оның шығармашылық мұрасынан алынған ерекше жәдігерлер бар. Келушілер мұнда бәрін қызықтырады: Байтұрсынов бабаның Шошақтың қабірінен тас және Ахмет үйінің іргетасынан кірпіш. Бірақ мұражайдың ең ерекше жәдігерлері - ғалым қолданған таяқ және оның кітаптары түпнұсқада. 

Мұражайда көрнекті ақпараттық іс-шаралар - «Батурсынов оқулары», көрнекті жерлесімізді еске алуға арналған ашық сабақтар, дәрістер, «дөңгелек үстелдер» өткізу дәстүрге айналды.  толық мәлімет »»»  

Университеттің археологиялық мұражайы Торғай археологиялық экспедициясының 1976 жылдан бастап университет ұжымы жүргізген жұмысы нәтижесінде алынған экспонаттарды қамтиды. Осы уақыт ішінде адамзат тарихының әртүрлі дәуірлері – мезолиттен орта ғасырға дейінгі Қостанай облысының жиырмадан астам археологиялық ескерткіштері зерттелді; тас дәуірінің жаңа археологиялық мәдениеті ашылды: маханджар және терсек.

Экспонаттар ғылыми бағыттардың жұмысы нәтижесінде дайындалды:

- Торғай қолатындағы тас дәуірінің ескерткіштерін зерттеу (б.з.б. X-III мың жыл бұрын);

- Қола дәуіріндегі (б.з.б. III-II мың жыл бұрын) Қазақстанның Тобол аймағында тұрғындарының тарихын зерттеу.

Гуманитарлық және әлеуметтік ғылымдар факультетінің студенттері, жыл сайын археологиялық тәжірибе аясында ескерткіштер мен өңделетін материалдарды зерттеуге көмектеседі, археологиялық зерттеулер зертханасының жұмысына белсенді қатысады. толық мәлімет »»» 

ҚМУ аграрлық-биологиялық факультетінде бірегей энтомологиялық мұражай жұмыс істейді. Мұражай 1988 жылы қоғамдық негізде биология ғылымдарының докторы Александр Изосимович Проценконың (1925-2004) бастамасымен және тікелей қатысуымен құрылған. Бұл алғашқы авторлық жәндіктер мұражайы, оның профилі ауылшаруашылық бағытымен анықталады. Жиырма жыл ішінде жинақталған ең бай коллекция студенттерге көрнекі құралдардың ерекше рөлін атқара отырып, оқу процесінде қолданылады.

Қазіргі уақытта энтомологиялық мұражай Қостанай облысының энтомофаунасын зерттеудің оқу-әдістемелік және ғылыми орталығына айналды және энтомология мен өсімдіктерді қорғаумен айналысатын мамандар үшін негіз болды. Мұражай қорында 28 мыңға жуық түрлі жәндіктер сақталған. Экспозицияға 874 түрі, 1840 дана, көпшілік және маңызды түрлері қойылған. толық мәлімет »»»

Ветеринарлық медицина және мал шаруашылығы технологиясы факультетінің мақтанышы - жануарлар анатомиясы және физиология кафедрасының (қазіргі - ветеринарлық медицина) қызметкерлерінің қолымен жасалған анатомиялық мұражайы. 

Мұражайда 700-ден астам ылғалды және құрғақ экспонаттар бар, олардың ішінде 30-ға жуық жануарлардың қаңқалары, 200 дана құрғақ препараттар бар. Мұнда бес аяғы бар бұзау сияқты бірегей экспонаттарды да көруге болады. Мұнда паразитология бойынша мұражай экспозициялары маңызды және бірегей болып табылады, онда 100 данадан астам орындау тақырыбы бойынша бірегей болып табылады. толық мәлімет »»»