Қазақстанның заманауи  дамуы ғылымсыз, инновациялық технологияларсыз, өндірісте, білім беруде ғылыми жетістіктерді енгізусіз мүмкін емес. Ғылым және білім беру Қазақстан қоғамының экономика серпінділігі және саяси тұрақтылығының қамтамасыз етуінде маңызды рөлін атқарады.

А. Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университетінің ғалымдары және қызметкерлерінің ғылыми зерттеу жұмысы 2009-2015ж ғылымның дамуы Кешендік жоспары және ГЗЖ жылдық жоспарлары негізінде  университеттің даму Стратегиясына сәйкес  жүзеге асырылады.  

Осыған байланысты ғылыми-зерттеу жұмысы саласында ҚМУ ұжымының басты мақсаты  білім беру қызметін ғылыми зерттеулерді өткізуімен, аймақтың дамуын басты бағыттар бойынша құрылымдаулық және технологиялық өндеулерді және олардың практикалық іске асыруымен байланыстыратын университеттің жаңа буынын қалыптастыру.

Қойылған мақсаттарға жету үшін ғылымның және өндірістің бірігу саласында нақты міндеттер қойылған: университеттің ғылыми жұмысының сапасын көтеру, қолтанбалы ғылыми зерттеулерін өткізуіне университеттің қызметін бейімдеу, өндіріс талаптарына сәйкес жоғары оқу орнынан кейінгі дайындық процесін қалыптастыру.

Университет ұжымы қойылған мақсаттарын орындауға ғылыми қызметінің позитивті жетістіктерін одан ары қалыптастыруына, университет мәртебесін көтеруіне үлкен жұмыс атқарды.

Университеттің ғылыми-зерттеу қызметінің үйлесімділігін ғылыми жұмысы және сыртқы байланыстар жөніндегі проректоры, ғылыми және жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру басқармасы, халықаралық байланыстар бөлімі іске асырады.   

А. Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университетінің ғылыми-зерттеу жұмысы ауылшаруашылық экономика, егін шаруашылығы, агрономия және топырақ зерттеу, өсімдіктерді қорғау, микробиология, ветеринария және малшаруашылығы, өсімдіктер және малдар биотехнологиясы, ауылшаруашылық механизация және электрлендіру, IT-технологиялар және де гуманитарлық бағыттар саласында өткізіледі. 

Университетте мемлекеттік және бюджеттен тыс есептен орындалатын іргелі және қолтанбалы  ғылыми зерттеулер жүргізіледі.  

Университеттің ғылыми-зерттеу қызметінің бастапқылығына, ғылыми жұмыстарының нәтижесін көтеруге, білім беру және тәрбие мақсаттарын ғылымға әсерін күшейтуге жету үшін, экономикалық зерттеу орталығы ( ЭЗО), Инновациялық ғылыми –білім беру Орталығы( ИҒББО) құрылған. Ғылыми орталықтарды ұйымдастыру экономика, ауылшаруашылық, биологиялық және ветеринария ғылымдары бойынша, ғалымдар және оқытушылар, студенттер және университет магистранттарына ғылыми зерттеулерді жүргізуге мүмкіндік береді.

2018 жылы «Ғылымның дамуы» 217 бюджеттік бағдарламасы бойынша, 102 «Ғылыми-зерттеулердің гранттық қаржыландырылуы» бағдарламашылық, 156 «Консалтингілік қызметтер және зерттеулер төлемақысы» спецификасы бойынша 2018 жылдың қаржыландырылуының сомасы көлемінде «Қазақстан Республикасының Білім және ғылым министрлігінің Ғылыми комитеті» мемлекеттік мекемесінен А.Байтұрсынов атындағы ҚМУ 6 тақырыптан 2018-2020 жылдарға арналған гранттық қаржыландыруға ие болды :

1. «Герефордтық және ангусстық тұқымды ірі қара малдың қазақстандық селекциясының өсу қарқының реттейтін гендері бойынша ет өнімділігін кешенді түрде генетикалық таңбалауы» жобасы. Бейшова Индира Салтановна - тағам өнімдерін өңдеу сынақ зертханасының молекулярлы-генетикалық зерттеулер бөлімінің меңгерушісі, а-ш.ғ.к., бас ғылыми кызметкер (жобаның жауапты орындаушысы);

2. «Отандық селекцияның жоғары өнімді сиырларының өнімділік ұзақтығын жақсарту жөніндегі кешенді бағдарламаны әзірлеу және енгізу» жобасы. Шайкамал Гулшат Иманжанкызы – мал шаруашылығы өнімдерін өндіру технологиясы кафедрасының меңгерушісі, а.-ш.ғ.к., жобаның жетекшісі;

3.  «Солтүстік Қазақстандағы сирек кездесетін өсімдіктер түрлерінің популяциясының генофондын молекулалы-генетикалық талдау» жобасы. Султангазина Гульнар – аграрлық-биологиялық факультетінің биология және химия кафедрасының меңгерушісі, б.ғ.к., доцент, бас ғылыми кызметкер (жобаның жетекшісі);  

4.«Қазақстанның Солтүстік өңіріндегі энтеропатогендік зооантропонозды аурулардың патогендерінің антибиотикалық қарсылығын бақылау» жобасы. Рыщанова Раушан Миранбаевна - ғылыми-инновациялық орталығының иммунобиологиялық зерттеулер бөлімінің меңгерушісі, PhD, жобаның  жетекшісі;

5. «Қазақстанның Солтүстік аймақтарының селдір кенінен биотнехнологиялық тәсілмен уран шығару үдерісін қарқындату» жобасы. Валиев Хусаин Хасенович - А.Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университетінің ректоры, т.ғ.д, профессор, бас ғылыми қызметкер (жобаның жетекшісі);

6. «Кешенді рентгенографикалық зерттеулердің өзара толықтырушы әдістерімен кен пайдалы қазбалардың талдауы барысында алынған кіріс деректерді өңдеу үшін, ақпараттық автоматтандырылған жүйені әзірлеу, және оның бағдарламалық жасақтама түрінде жүзеге асыру» жобасы .Медетов Нурлан Амирович – ақпараттық технологиялар факультетінің деканы, ф.- м.ғ.д., доцент, бас ғылыми қызметкер (жобаның жетекшісі); 

«Ғылымның дамуы» 217 бюджеттік бағдарламасы бойынша, 101 «Ғылыми-зерттеулердің мақсатты қаржыландырылуы» бағдарламасы, 156 «Консалтингілік қызметтер және зерттеулер төлемақысы» спецификасы бойынша 2018 жылдың қаржыландырылуының сомасы көлемінде «Қазақстан Республикасының Білім және ғылым министрлігінің Ғылыми комитеті» мемлекеттік мекемесінен А.Байтұрсынов атындағы ҚМУ 1 тақырыптан 2018-2020 жылдарға арналған гранттық қаржыландыруға ие болды :

1. «Машина жасау кәсіпорындарының өнім нің сапасын мтамасыз ету үдерістерін кешенді зерттеу және өндірістің тиімділігін арттыру үшін нормативтік құжаттар жүйесін құру» жобасы.Салыкова Ольга Сергеевна - бағдарламалық қамтамасыз ету кафедрасының меңгерушісі, ЖАК доценті, т.ғ.к., бас ғылыми қызметкер (жобаның жетекшісі).

2015 жылы ҚР Б және ҒМ Комитетінің жарияланған гранттық қаржыландыру Конкурсының қорытындысы бойынша А.Байтұрсынов атындағы ҚМУ 2015-2017 жылдарға арналған 14 тақырыптан гранттық қаржыландыруға ие болды :

1. «Мал тектес өнімдерде және қоршаған орта объектілерінде Clostridium septicum штаммын идентификациясын және жануарлардың клостридиоз ауруның экспресс-диагностикасы үшін нақты уақытта полимеразды тізбекті реакция негізінде отандық тест-жүйесін құрастыру» жобасы. Тагаев Орынбай Оразбекович - ветеринарлық санитария кафедрасының профессоры, в.ғ.д., жобаның  жетекшісі; 

2. «Астық тұқымдастарының фузариоз ауруын диагностикалауға арналған на основе ДНҚ-маркер негізінде жоғары спецификалық  және сезімтал экспресс тесттерді құрастыру» жобасы. Калимов Ниязбек Ерханович - аграрлық-биологиялық факультетінің деканы, а-ш.ғ.к., жобаның жетекшісі;  

3. «Қазіргі уақыттағы Yersinia enterocolitica және Yersinia pseudotuberculosis штаммдарының идентификациялануы үшін полимеразды тізбекті реакцияға негізделе отырып отандық тест – жүйені өңдеп шығару» жобасы . Чужебаева Гульжаган Джамбуловна -  ғылыми-инновациялық орталығының аға  ғылыми  қызметкері, вет.ғ.к.,  жобаның  жетекшісі;  

4. «Қазақстан Республикасының жылқы шаруашылығында орталықтандырылған асылдандыру есебін ұйымдастыру» жобасы. Брель-Киселева Инна Михайловна - малшаруашылық өнімдерін өндіру технологиясы кафедрасының аға оқытушысы, а.-ш.ғ.к., жобаның  жетекшісі;

5. «Солтүстік Қазақстанның ауылшаруашылық аймағы жағдайында дәнді дақылдарын қорғау кешенді әдісінің бөлігі есебіндегі микотоксиндермен және пестицидтермен ластануын азайтатын жүйелер» жобасы. Нугманов Алмабек Батыржанович - РhD докторы, а.-ш.ғ.к., жобаның  жетекшісі;  

6. «Мал шаруашылық өнімдерінде тренболонды анықтау үшін ИФА тест-жүйесін өңдеу» жобасы. Ибрагимов Примкул Шолпанкулович - ветеринариялық санитария кафедрасының профессоры, вет.ғ.д., жобаның жетекшісі;

7. «Байқау аурудың шынайы және әлеуетті бастауы бас айуанаттың түрлі көріністерінің және анальгезирдік  препараттың қолданысының стратегиясының зерттемесі» жобасы. Рыщанова Раушан Миранбаевна - ветеринариялық медицина кафедрасының доцент м.а., вет.ғ.к., жобаның  жетекшісі;  

8. «Астық тұқымдастарының маңызды патогенді саңырауқұлақтарына арналған жоғары спецификалық  және сезімтал экспресс тесттерді ДНҚ маркерлер негізінде құрастыру» жобасы. Бейшова Индира Салтановна – биология және химия кафедрасының доцент м.а., а-ш.ғ.к., жобаның  жетекшісі;  

9. «Отандық селекцияның асыл тұқымды ірі қара малының етті өнімділігін табуға арналған генетикалық маркерлерді құрастыру және тұқым қуалайтын аурулардың дамуын көрсететін мутацияны тасымалдаушылыққа скрининг жасау» жобасы. Бейшова Индира Салтановна – биология және химия кафедрасының доцент м.а., а-ш.ғ.к., жобаның қос жетекшісі;

10. «Қостанай облысында АӨК үшін жем-шөп дайындайтын техникалық жабдықтарды құрастыру» жобасы. Гаврилов Николай Владимирович – машина, трактор және автокөлік кафедрасының доценті, т.ғ.к., жобаның  жетекшісі;

11.«Қазақстанның Солтүстік аймағының көмірсутектотықтырғыш микроорганизмдердің консорциумын зерттеу және генетикалық сипаттама анықтай отырып соның негізінде биодеструктор-препаратын жасау» жобасы. Юнусова Гульнара Батырбековна – экология кафедрасының меңгерушісі, т.ғ.к., жобаның жетекшісі;

12. «Тобыл-Торғай өңірінің фольклоры» жобасы. Абсадыков Алмасбек Ахметович – оқу және тәрбие жұмысы жөніндегі проректоры, ф.ғ.д., жобаның жетекшісі;

13. «Жаңа археологиялық зерттеу тұрғысында палеометалл дәуірі мен ғұн-сармат кезеңдегі Торғайдың көні-қон, этноәлеуметтік үрдістері мен палеоэкономикасы» жобасы. Логвин Андрей Викторович – археологиялық зертханасының меңгерушісі, жобаның жетекшісі;

14.«Топырақ жылуфизикалық параметрлерін итерация әдісімен есептеу және математикалық қасиеттерінің негізін шығару және өңдеу» жобасы. Байманкулов Абдыкарим Тунгушбаевич – ақпараттық жүйелер кафедрасының меңгерушісі, ф-м.ғ.д., жобаның  жетекшісі;

2012 жылы ҚР Б және ҒМ Комитетінің жарияланған гранттық қаржыландыру Конкурсының қорытындысы бойынша А.Байтұрсынов атындағы ҚМУ 5 тақырыптан гранттық қаржыландыруға ие болды :

●  малдан шығатын тағамдарда эстрадиола -17B анықтау үшін иммуноферменттік анализының отандық тест-жүйесін жасау. Жобаның жетекшісі: КокановС.К.-ИҒББО директоры, ветеринария ғылымдарының кандидаты, доцент;

●  БАҚзаманауи аймақтық нарығының қалыптастыру ерекшелігі – елдің зияткерлік әлеуеті. Жобаның жетекшісі: Жунусова А.М. – журналистика және коммуникациялық  менеджмент кафедрасының меңгерушісі, филология ғылымдарының  кандидаты, доцент;

●  Этникалық аймақтағы тіл және мәдениет экологиясы: Қостанай облысындағы диаспорлар тілдері.

Жобаның жетекшісі: Ахметова Б.З. – тіл және әдебиет теориясы кафедрасының  меңгерушісі, филология ғылымдарының  кандидаты, доцент;

●  Еуразия көне халықтарының өзара әрекеттестік контекстіндегі Торғай мұрасының археологиялық зерттеуі: трансмәдени байланыстар, этноәлеуметтік процестер, палеэкономика. 

Жобаның жетекшісі: Логвин А.В. - археологиялық зертханасының меңгерушісі; 

● аймақтық  этнолингвистика:  Қостанай облысының топонимиялар материалдарында .

Жобаның жетекшісі : Ахметова Б.З. – тіл және әдебиет теориясы кафедрасының  меңгерушісі, филология ғылымдарының  кандидаты, доцент;

2013 жылы А.Байтұрсынов атындағы ҚМУ ҚР Б және ҒМ Конкурсының қорытындысы бойынша ГЗЖ 7 тақырыптан «Ғылыми –зерттеулердің гранттық қаржыландыру» 120 бағдарламасы бойынша  149 ерекшелігі 2013-2015 жылдарға   «Басқа да қызметтер мен жұмыстар» гранттық қаржыландыруға ие болды.

●  биогазды жағдайда агроөнеркәсіптік мекемелер қызметінің сапасын көтеру. Жобаның жетекшісі: Курманов А.К. – техникалық сервис кафедрасының профессоры,  техникалық ғылымдарының докторы;

● General-purpose computing on graphics processing units графикалық емес есептердің технологиялар қолдануымен , NVIDIA Compute Unified Device Architecture бағдарламалық –ақпараттық есептеу архитектурасын қолдау арқылы жүйлерін жасау. 

Жобаның жетекшісі: Муслимова А.З. –информатика және математика кафедрасының доценті, педагогика ғылымдарының кандидаты;

● шынайы уақытта полимераз тізбекті реакция негізінде дәнді өсімдіктердің септориоз диагностикасы үшін отандық тест-жүйелерді жасау.
Жобаның жетекшісі: Бейшова И.С. –биология және химия кафедрасының доценті, ауылшаруашылық ғылымдарының кандидаты; 

● жылқыағзасындағы фармакокенетика және  фармакодинамика  жаңа буынның анальгезиялық препараттардың іргелі негіздерін зерттеу.

Жобаның жетекшісі : Рыщанова Р.М. –  ветеринарлық  санитария кафедрасының доценті,  ветеринария ғылымдарының кандидаты, доцент;

● жабық жердің өсімдіктерге зиян келтіретіндердің санын бақылау үшін жаңа биологиялық препаратын жасау.

Жобаның жетекшісі: Коканов С.К. – ИҒББО директоры, ветеринария ғылымдарының кандидаты, доцент;

● мал жемдейтін орындарды және жайлымдардағы ірі малды зоофилды масалардан қорғау үшін синтетикалық пиретроидттерден жасалған жаңа жоғарысапалы инсектоакрицид және лаврицид препараттарын жасау. 

Жобаның жетекшісі: Аубакиров М.Ж.- ветеринарлық медицина кафедрасының доценті, ветеринария ғылымдарының кандидаты;