А.Байтұрсынов атындағы ҚМУ-да бүгінгі ғылым– бұл ғылыми мектептер, жоғары білікті профессорлық-оқытушылар құрамы, ғылыми басылым,сапалы қызмет жасап жатқан магистратура және докторантура, шетел жоғары оқу орындарымен байланыс жасау. Мұндай бірлескен күш салысу – аймақ үшін отандық ғылымның дамуына енгізілген лайықты үлес. 

Университет білім беру және ғылыми қызметтің бірігуіне, басым ғылыми бағыттардың дамуына және творчестволық жастарды қолдауына бағытталған. Университетте барлық қажетті жағдайлар жасалған – ақпараттық деректемелерге еркін кіруге қамтамасыз етіледі, ұйымдастыру-құқықтық қолдау жасалады,  материалдық-техникалық ресурстар бөлінеді . Ғылыми- зерттеу жұмысын орындауға барлық оқытушылар, магистранттар, докторанттар және студенттер ат салысуда.  

Қазіргі уақытта университетте қолтанбалы ғылымдардың бағыттары бойынша ғылыми мектептер ұйымдастырылған:

● ауылшаруашылық –өнімділігінің гинетикалық әлеуетін көтеру және Солтүстік Қазақстанның түрлі агроэкологиялық аймақтары үшін күшейтудің инновациялық принциптері, экологизация және ресурстарды сақтау негізінде, ауылшаруашылық жерлердің тұрақты өнімділігін және құнарлы топырақтарды өндіруін қамтамасыз ететін агротехнологияларды жетілдіру;

● өнімділіктің генетикалық өсуі, жем беру технологияларын жетілдіру, Солтүстік Қазақстандағы ауылшаруашылық малдарды, құс және балықтарды асырау және өндіру; 

● әдістерді жасау, оның ішінде биотехнологиялық әдістер, ауылшаруашылық малдардың, құс және балықтардың ауруын емдеу және сақтандыру диагностикасы, тағамдық қауіпсіздігін қамтамасыз ету;

● механизация, автоматизация және техникалық сервис саласында, агроөнеркәсіптік кешен жолындағы инновациялық технологияларды жасау және енгізу; 

● энергияүнемдейтін, энергия сапалық технологияларды және энергияның баламалы көздерін жасау. Заманауи техника үшін келешек құрылым материалдарын дайындау;

● кәсіби білімінің сапасын, өзектілігін және тиімділігін көтеру. Білім беру процесіне жаңа ақпараттық технологияларды жасау және енгізу;

● агроотандық саласында ауылшаруашылық өндірістің және тұтынушылар сұранысының ішкі және сыртқы нарықтағы бәсекелесуге қабілеттілігін, ауыл тұрғындарының әлеуметтік жағдайын жақсартуын қамтамасыз ететін экономикалық қатынастар жүйесінің ғылыми дәлелдеуі;

● жаһандану жағдайында қазақстан қоғамы дамуының  әлеуметтік –гуманитарлық, тарихи –мәдениетті және психологиялық  зерттеулері.

Ғылыми мектептерде қолтанбалы және терең ғылымдар бойынша ғылыми кадрларды дайындау жұмысын ойдағыдай жүргізеді. Зерттеулер гранттық және бастамашылық тақырыптар бойынша жүргізіледі. Ғылыми жетекшілері университеттің ғылым докторлары: Колдыбаев С.А., Харченко С.В., Найманов Д.К., Пионтковский В.И., Ким Н.П., Айтмухамбетов А.А., Тегза А.А., Кушнир В.Г., Курманов А.К., Кальнаус В.И., Жиентаев С.М., Мишулина О.В., Легкий Д.М., Васильчук Е.В. және т.б. болып табылады.