Білім беру сапасын қамтамасыздандыру тәуелсіз қазақстандық агенттігі (БСҚА) 2016 жылғы Қазақстанның үздік жоғары оқу орындарының ұлттық рейтингін ұсынған болатын. Көрсетілген рейтингте Ахмет Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университеті 7 орынды иеленгені баршаға белгілі. Осыған байланысты ҚМУ-ға өткен аптада тиісті сертификаттар табысталған болатын.

Білім беру сапасын қамтамасыздандыру тәуелсіз қазақстандық агенттігінің (БСҚА) президенті, педагогика ғылымдарының докторы, профессор Шолпан Қаланова: «БСҚА Ұлттық рейтингі көпөлшемді рейтинг болып саналады немесе оны «басты рейтинг» деп атайды. Себебі, ол үш құрастырушы: 1, 2 және 3 сауалнамадан тұрады. 1-ші сауалнама, студенттер контингенті мен құрамын, олардың білім нәтижелерін, профессорлық-оқытушылар құрамы қызметінің сапасын, ЖОО-ның ғылыми және инновациялық қызметін, халықаралық ынтымақтастығын қамтитын академиялық статистикалық ин­дикаторлар мен критерийлерді, сонымен бірге, Интернеттегі ақпараттық көрсеткіштерді ұсынады. 2-ші сауалнама ЖОО сарапшыларының алдында ЖОО-ның мәртебесін көрсетсе, 3-ші сауалнама жұмыс берушілер алдында ЖОО-ның мәртебесін көрсетеді» - деген    деректерді келтірді.

 БСҚА-ның шешімі нәтижесінде ҚМУ төменде көрсетілген мамандықтар бойынша жетекші орындарға ие болды.

1. Шетел филологиясы – 2-ші орын. 

2. Технологиялық машиналар және жабдықтар – 2-ші орын. 

3. Қайта өңдеу өндірістерінің технологиясы – 3-ші орын. 

4. Математика – 4-ші орын. 

5. Журналистика – 4-ші орын. 

Қазақстанның үздік жоғары оқу орындарының Ұлттық рейтингінде иеленген жетінші орын, университет ұжымы үшін үлкен жетістік. Бұл – білім сапасының жоғары екендігінің сөзсіз айқын дәлелі.