А. Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университеті магистратураның 28 білім беру бағдарламасы бойынша оқытуды жүзеге асырады. Оқу үдерісі тек күндізгі оқу нысаны бойынша жүргізіледі. Дайындауды екі бағыт бойынша жүзеге асырады:

- ғылыми-педагогикалық магистратурада ғылыми сала мен жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру жүйесі үшін ғылыми және педагогикалық кадрларды даярлау жүзеге асырылады.;

- бейіндік магистратурада кадрларды (соның ішінде басқарушылық), экономика, құқық, қызмет көрсету және бизнес салалары үшін топ-менеджерлерді даярлау жүзеге асырылады.

Магистратураға жоғары білімі бар азаматтар қабылданады. Магистратураға түсу кезінде қабылдау емтиханын тапсыру қажет: шетел тілі бойынша тестіден, білім беру бағдарламалары тобының бейіні бойынша тестіден, оқуға дайындығын анықтау тестінен тұратын білім беру бағдарламаларының топтары бойынша кешенді тестілеу.

Жоғары білім білім беру бағдарламасының атауы магистратура білім беру бағдарламасын таңдауда анықтаушы шарт болып табылмайды (аттас емес білім беру бағдарламасына түсуге болады). Магистратураға түсудің басты шарты – талапкердің тиісті пререквизиттер-магистратураның кәсіптік білім беру бағдарламасын меңгеру үшін қажетті білімі, біліктілігі мен дағдысы бар пәндер болуы тиіс. Магистратураның әрбір білім беру бағдараламасы үшін пререквизиттер тізімін университеттің өзі анықтайды.

Қажетті пререквизиттер болмаған жағдайда магистрантқа оларды магистратураға қабылданғанға дейін ақылы негізде меңгеруге рұқсат етіледі. Магистратураның білім беру бағдарламасының пәндерін оқу қажетті пререквизиттерді игергеннен кейін ғана басталады.

Магистратурадағы оқу мерзімі алдыңғы білім беру бағдарламасының бейінінің магистратураның осы білім беру бағдарламасының бейініне сәйкес келуіне және пререквизиттердің болуына байланысты университет дербес белгілейді, бірақ: ғылыми және педагогикалық бағыт үшін 2 жылдан кем емес; бейіндік бағыт үшін 1-1,5 жылдан кем емес.

Магистратурада мемлекеттік білім беру тапсырысы бойынша қаржыландыру есебінен де, сондай-ақ азаматтардың өз қаражатынан немесе басқа да көздерден оқу ақысын төлеу есебінен де оқуға болады. Мемлекеттік білім беру тапсырысы бойынша оқуға конкурсқа тек осы деңгейдегі білім алған тұлғалар ғана қатыса алады.