Мұражайдың есігі тек студенттерге ғана емес, университет қонақтары, мектеп және өзге де оқу орындары тәрбиеленушілеріне әрдайым ашық. Ескі суреттерге қарап өткенді, қазақ ауылдарын, ескінің заттарын еске аласың, әрине бұлардың бәрі ХІХ ғасырдың аяғында қалып қойды.

Ұлтымыздың рухани көсемі, жерлесіміз Ахмет Байтұрсынұлының есімі Қостанай мемлекеттік университетіне осыдан 17 жыл бұрын Қазақстан Республикасы Үкіметінің 1996 жылдың 3 сәуіріндегі № 384 қаулысымен берілді. Ал мұражай 1998 жылы Ахмет Байтұрсыновтың туғанына 125 жыл толуына орай ашылған.  Ахмет Байтұрсынов мұражайын ашуда сол кездегі универсиет ректоры академик З.Алдамжардың еңбегі зор.

Мұражайдың ашылу салтанатында Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрі Қырымбек Елеуұлы Көшербаев және жазушы Төлен Әбдіков қатысты.

Мұражай университеттің бас ғимаратына орналастырылды, ол кезде мұнда бос орын ғана болатын. Басты мәселесі экспонаттардың жетіспеуі еді.

Сондықтан алғаш рет «Ақжол» деп аталған оқытушылардан құралған экспедиция ұйымдастырылды. Оған Ахметтің немересі Ілияс Байтұрсынов жетекшілік етті. Басты мақсаттары Ахмет Байтұрсыновтың туған жері Жангелді ауданында болып, талай батыр, ақын, ғалым, оның ішінде ағартушы, педагог, литератор Ахмет

Байтұрсынов шыққан өңірдің адамдарымен кездесу болды.

 Экспедиция мүшелері жолда А.Байтұрсыновтың өмірі мен қызметі басталған Аққөл өзенінің жағасында орналасқан Сарытүбек ауылына соғады. Осы жерде 1873 жылы Ахмет дүниеге келген. Оның өмір жолы оңайшылықпен өткен жоқ. 13 жасынан бастап әкесіз өсті. 

Алайда Ахмет тағдырдың қаталдығына шыдай білді. Ол 1864 жылы Торғайда ашылған орыс-қазақ мектебін Ыбырай Алтынсаринмен бірге бітіріп шығады, одан кейін Орынбор мұғалімдік мектебін тәмамдайды. Оны аяқтаған соң Ахметті «Қазақ» газетінің редакторы ретінде жұмысқа шақырады. Осылайша оның еңбек жолы басталып кетеді.

Ахмет Байтұрсыновтың өміріндегі ең бір үлкен жетістігі ретінде қазақ «Әліпбиінің» құрастырылуы, оның алғашқы авторы да өзі болған. Сонымен қатар бірнеше оқу құралдарын  жазып шығады.

2003 жылы мұражай бес жылдық мерейтойын тойлады. Осы жылдар аралығында А.Байтұрсыновтың таланты мен қызметінен хабар берген 1500 экспонат келген.

Мұражай бірнеше бөлімнен тұрады. Оның бірі - Ахмет Байтұрсыновтың өмір жолына арналған. Мұнда Торғай жеріндегі Аққөл көлі, Аққөл ауылы бейнеленген. Ахмет туған үйдің орнынан алынған қасиетті топырағы, сол жерде өсетін жусан өсімдігі, қыстау орнынан табылған қысқыш және бала ерінің үзеңгісі қойылған. Құнды жәдігерлердің бірі Ахаңның күміс жалатылған сүйеніш таяғы.

Осы жерде көптеген құнды заттар сақталған: «Маса» жинағының түпнұсқасы, Орынборда 1913 жылы жарық көрген «Қазақ» газетінің алғашқы нөмірі. Оның редекторы Ахмет Байтұрсынов, ал Міржақып Дулатов пен Әлихан Бөкейханов бірге қызмет атқарды. Газетке деген сұраныс өте жақсы болды, оны Қытай мен Ресейде оқыды. Бұны газеттің таралу картасы арқылы анықтауға болады.

Мұражай қоры әрқашан толықтырылып отырады. Облыстың сол кездегі әкімі Өмірзақ Шөкеев Ахмет Байтұрсыновтың суреті бейнеленген «Жал адамы» атты медалін табыстайды. Ол «Абылай хан» халықаралық қоры, «Алтын адам» қоры құрған қоғамдық кеңестің шешімімен аз тиражда шығарылды. Ахмет Байтұрсыновтың мүсінін  мұражайға скульптур Әділ Шотаев табыстайды. Осындай заттардың әрқайсының орны ерекше.

2010 жылдың 15 сәуірінде университет ректоры А.М.Наметовтың бастаумен А.Байтұрсынов мұражайы бас ғимараттан жеке ғимаратқа көшіріледі. Бұл ғимарат 1910 жылы салынып, 2010 жылы тарихи ғимарат атауы беріледі.

Жаңартылған мұражайдың ашылуы А.Байтұрсынов атындағы ҚМУ 70 жылдық мерейтойына арналды. Ол жерде Ахметтану сабақтарын өткізуге арналған арнайы аудитория қарастырылып, оқыту бағдарламасы енгізілген. Мұражайды Қостанай облысы әкімі С.Кулагин салтанатты түрде ашады.

Мұражайды алыс жақын шетелдерден қонақтар келеді. Тілектер кітабында мұражайдың ұйымдастырушылары ректор З.Алдамжар, Х.Уәлиев, А.Нәметовке арналған жақсы пікірлер жазылған.

Мұражайға көптеген мемлекетік және қоғам қайраткерлері, ғалымдар, жазушылар мен әртістер келіп, жақсы лебіздерімен бөлісті. Оның ішінде ҚР Президенті Н.Ә.Назарбаев, ҚР этнология және тарих институтының директоры Манаш Қозыбаев, академик Кенжеғали Сағадиев, Сағындық Сатыбалдин бар.

Құрметті қонақтар кітабына Нұрсұлтан Назарбаев, мәдениет Министрі Қырыбек Көшербаев, жазушы Төлен Әбдіков, әнші Роза Рымбаева, политолог Мұрат Әуезов, олимпиада чемпионы Ольга Шишигина қолтаңбаларын қалдырған. 

Олар да 1937 жылы репрессияға ұшыраған Торғай өңірінің құрметті ұлы Ахмет Байтұрсыновтың есімін ұлықтауға келген.