Мұғалімдер институтынан педагогикалық институтына ауысу.

1939 жылдың 21-ші тамызында Қостанай облысы депутаттарының атқару кенесінің президиумы «Қазақ педагогикалық училищесінің негізінде Қостанай мұғалімдер институтын құру туралы» қаулы қабылдады. Жаратылыстан – географиялық және физика- математикалық екі жылдық екі факультетте студенттер білім алды. Институттың бірінші директоры болып Ибраев Даулет тағайындалды.

1944 жылдың 17-ші маусымында Қазақ ССР-ың кеңестік халық комиссариаты және Қазақстан Компартиясының Орталық Комитетінін (б) № 351: «Қазақ халқының батыры Амангелді Иманов есімін мәнгі есте сақтау туралы» қаулысымен Қостанай мұғалімдер институтына Амангелді Иманов есімі беріледі.

Қазақ ССР-ның Министрлер Кеңесінің 1955 жылғы 5 шілдедегі № 560 Өкімі және Қазақ ССР ағарту министрлігінің № 267 бұйрығымен мұғалімдер институтының (базасы)- негізінде Қостанай мемлекеттік педагогикалық институтын құру туралы шешім қабылданады.

1972 жылдың 8-ші желтоқсанында Қазақстан ОК мен Қазақ ССР-ның Министрлер Кеңесінің № 630 қаулысымен Амагелді Иманов атындағы Қостанай мемлекеттік педагогикалық институты КСРО-ның 50 жылдығы институты деп аталады.

Ауылшаруашылық институты

Тың жерлерді игеру Қостанай облысының ауыл шаруашылығына қосымша мамандар даярлауды қажет етті. Осыған байланысты 1964-1966 жылдары Қостанай қаласында ауыл шаруанын институтында Целиноград ауылшарушылық институтының сырттай оқитын студенттерге оқу-кеңестік пункт (ОКП) құрылады.(жетекшісі Громов Ю.Н.)

1966 жылыдың 20 қыркүйегінде СССР ауылшаруашылық Министлігінің №309 бұйрығымен «Целиноград ауылшаруашылық институтының филиалын Қостанай облысында ұйымдастыру» Целиноград ауылшаруашылық институтыны филиалы ұйымдастырылады. Институттың филиалы Заречный ауданында ашылады (Конезавод п.)

1978 жылдың 13-ші шілдесінде Министрлер Кеңесінің № 469 қаулысымен ЦАШИ Қостанай филиалының базасында Қостанай қаласында (ҚТБК) Қостанай ауылшаруашылық институты ұйымдастырылады.1978 жылдың 7-ші желтоқсанында институттың салтанатты түрде ашылу жиынында Петр Иосифович Чужинов ректор болып тағайындалды.

Университет

1992 жылдың 6-шы тамызында Министрлер Кабинетінің № 662 қаулысымен КСПО-ның 50-жылдығы атындағы Қостанай мемлекеттік педагогикалық институты Қостанай мемлекеттік университеті болып қайта құрылады.

1996 жылдың 3-ші сәуірінде Қазақстан Республикасы Үкіметінің № 384 қаулысы негізінде Қостанай мемлекеттік университетінің атауы Ахмет Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университеті болып өзгертілді.

1998 жылы 17 қарашада ҚР Президенеті Н.А. Назарбаевтың қатысуымен Қостанай мемлекеттік университетінде алғашқы Халықаралық интервидео конференция ұйымдастырылып өткізілді. Оған 2000 студент, Қостанай облысы бойынша 5 ЖОО оқытушылыры, АҚШ –тың Оклахомск мемлекеттік университетінің 40 шакты мамандары бір мезгілде қатыса алды. Конференцияда талқылынған мәселелердің бірі- білім беру саласында ақпараттық технологияны жан - жакты қолдану, жекелей алғанда, қашықтан компьютелік оқыту барысын тиімді қолдану негіздері қарастырылды. Елбасы осы кездесу барысында университеттің қызметін республикадағы үздік санаттағы бірегей оқу орны ретінде өте жоғары баға берді.

Қазақстан Рспубликасы 1993 жылғы 9-шы желтоқсанындағы Заңының 9-бабына сәйкес, Қазақстан Республикасы президенті 1997 жылдың 17 маусымындағы Жарлығымен орыс тіліндегі Кустанай қаласының атауы Қостанай транскрипциясына өзгертілді. Қостанай мемлекеттік университетінің атауы Ахмет Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университеті болып өзгертілді.

Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2000 жылдың 14-ші ақпанындағы «ҚР-ның білім мен ғылымды біріктіру жөніндегі кейбір шаралар туралы» № 236 Қаулысына сәйкес Қостанай ауылшаруашылық институты А.Байтұрсынұлы атындағы ҚМУ-нің құрамына енді.

2000 жылдың 15-ші қыркүйегінде көрнекті мемлекет және саясат қайраткер ірі ғалым-лингвист Ахмет Байтұрсыновқа арналған ескерткішті А.Байтұрсынұлы «Ұлт ұстазы»-деп атаған Қазақстан Республикасының президенті Н.Назарбаев ашты.

2002 жылдың 12-ші қыркүйегінде Қазақстан Республикасының Президенті Н.Ә.Назарбаев А.Байтұрсынұлы атындағы Қостанай мемлекеттік университетінің ұжымымен кездесті.

2004 жылы 3-ақпандағы Қазақстан Республикасы Үкіметінің «Қазақстан Республикасы білім және ғылым министрлігінің жекеленген республикалық мемлекеттік қазыналық мекемелерін ұйымдастыру туралы» № 128 Қаулысымен Қостанай мемлекеттік педагогикалық институты А.Байтұрсынов атындағы Қостанай мемлекеттік университеті құрамынан бөлініп шығады.

2009 жылдың 18-ші қыркүйегінде А.Байтұрснов атындағы ҚМУ-нің халықаралық байланысты дамытудағы жаңа кезеңінің басы университет ректоры А.М.Наметовтың атақты Хартия (Болния, Италия ) қаласының университеттерімен қол қойылды. Бұл қадам – университетті өңірлеріміздегі алдыңғы қатардағы дамыған ЖОО-ның бірі ретінде халықаралық деңгейде көтеруге мүмкіндік береді.