Факультеттің тарихы өз бастауын 1966 жылдан – облыс аймағында Целиноград ауыл шаруашылығы институтының Қостанай филиалының ашылуынан алады. Алғашында біріктірілген факультет («Зоотехния» мамандығымен бірге) ұйымдастырылған болатын, оны Нурмухамедов Базарбай Еликбайұлы басқарды. 

1974 жылы студенттер контингентінің өсуіне байланысты дербес агрономия факультеті құрылды, оның деканы болып ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты  Емнонов Юрий Иванович тағайындалды.

Факультеттің қалыптасуы мен дамуына көптеген ғалымдар мен педогогтар баға жетпес үлес қосты, атап айтқанда И.А.Денисов – а-ш.ғ.д., профессор, Н.И.Мартыненко – а-ш.ғ.к., Қазақ ССР еңбегі сіңген агроном, ботаника кафедрасының негізін қалаушы, Ю.С.Адомяко – а-ш.ғ.к., егін шаруашылығы кафедрасының меңгерушісі, А.П.Баталов –   а-ш.ғ.к., топырақтану және агрохимия кафедрасының меңгерушісі, ғылым кандидаттары Г.Т.Полозов, А.Л.Молчанов, И.С.Бородкин, В.В.Мищенко, А.З.Ахметов, А.Г.Ванифатьев, Р.М.Валиев және басқалар.

Әр жылдардағы агрономия факультетінің оқытушылары

Факультет дамуындағы жаңа мүмкіндіктер мен келешектер 1978 жылы – дербес Қостанай ауыл шаруашылығы институтының құрылуымен ашылды.

Қаладағы жарық аудиториялар мен кабинеттері бар жаңа оқу ғимаратына көшу, материалдық базаны жаңарту мен толықтыру, және ең бастысы Ю.А.Гагарин атындағы оқу-тәжірибелік шаруашылығын құру және факультетке ауданы 200 га  тәжірибелік алқаптың техникалық кешенімен, ауыл шаруашылығы машиналарымен, автобуспен, Садчиковка ауылындағы зертхана үшін ғимараттың берілуі. Осының бәрі факультеттің дамуына септігін тигізді.

1982 жылдан бастап факультет деканы болып ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты, доцент Колсанов Георгий Васильевич, ал 1985 жылдан – ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты, доцент Мищенко Валерий Васильевич тағайындалды. Осы жылдары факультет ғалымдары студенттермен бірге тәжірибелік алқапта ғылыми-зерттеу жұмыстарымен айналысты. Ұсақ бөлікті тәжірибелерді жүргізу үшін факультетке арнайы техника – чехтің шағын тракторы, финдік «Сампо» жинау комбайны және т.б. сатып алынды.

Үнемі факультеттің құрылымы жетілдірілуде. 1985 жылы факультетте 6 профильдік кафедра  қалыптастырылды: өсімдіктер ботаникасы мен физиологиясы, топырақтану және агрохимия, мал азығын өңдіру, жалпы егін шаруашылығы, жеміс-көкөніс шаруашылығы және өсімдіктерді қорғау, өсімдік шаруашылығы. Факультет құрамында тәжірибелі оқытушылар еңбек етті: ғылым докторлары – А.Н. Маланьин, А.И.Проценко, ғылым кандидаттары – Т.М.Зоркина, И.А.Журковский, Ю.И.Емнонов, Ю.П.Тоболина, Е.В.Белоногов, Г.Т.Полозов, А.И.Манько, И.М.Волынчук, В.А.Браун, Л.М.Паталаха, И.С.Бородкин, А.З.Ахметов, Н.П.Кулаков, В.М.Распутин, Л.А.Сенькова, Ш.С.Жемпиисов, К.Ш.Оразбаев, С.Т.Бисембаев, Т.И.Чехова, Н.С.Наумов, М.П.Воробьев, М.П.Шилов, С.Б.Имуратов, Д.Т.Сейтказинов, Л.А.Тулеева, С.Б.Друскильдинов, Л.В.Клочко, басқа да тәжірибелі оқытушылар – Р.Я.Герман, Н.Я.Ткаченко, З.С.Вакуленко, С.Г.Терпиловская, М.А. Шепелев, Н.И. Шилова, О.А Тырцева, Т.В.Атаманец және басқалар. 

МЕК отырысы.. Солдан оңға қарай: Г.В.Колсанов (1982-85 ж.ж. факультет деканы), А.И. Кияницкая, И.С. Бородкин, Ю.И. Емнонов (1974-82 ж.ж. факультет деканы), Г.Т. Полозов	Жеміс шаруашылығы бойынша зертханалық сабақты студент-агрономдарда    Мищенко В.В жүргізуде

1988 жылы биология ғылымдарының докторы, профессор А.И. Проценко бастамасымен және тікелей қатысуымен  энтомологиялық мұражайдың құрылуы басталды, ол уақты өте келе факультеттің мақтанышына айналды. Мұражай қызметкерлері мен студенттердің қатысуымен жиналған жәндіктердің мол коллекциясы қазіргі таңда Қостанай облысының энтомофаунасын зерттеу бойынша орталығы және агроном, биолог, эколог мамандарын дайындау кезінде оқу-әдістемелік орталығы қызметін атқарады. 

1993 жылы факультет деканы болып ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты Сейтказинов Дюсенбай Теміржанұлы тағайындалды. 

2000 жылы ауыл шаруашылығы институты университет құрамына кірді. Осыған байланысты құрылымдық ұйымдастыру жүргізілді: екі факультет (агрономиялық және зооинженерлік) бір агротехникалық факультетке біріктірілді, оны ауыл шаруашылығы ғылымдарының докторы Найманов Доскали Курмашұлы басқарды. Мамандықтар тізімі кеңейді. Екі мамандық бойынша «Астық өңдеу және наубайхана өңдірісінің технологиясы» және «Ет және сүт өнімдерінің технологиясы» технологтарды, сондай-ақ «Ауыл шаруашылығы өнімдерін стандарттау және сертификаттау», «Фермерлік іс», «Өсімдік шаруашылығындағы селекция және биотехнология» мамандары дайындала басталды.

Факультет кафедраларының атауы мен құрамы өзгере бастады. Барлық ауыл шаруашылығы мамандықтары университет құрамындағы біртұтас құрылымға Аграрлық-техникалық институтқа біріктірілді, онда ауыл шаруашылығы ғылымдарының докторы, Муслимов Бахытжан Муслимұлы басшылық етті. 

2004 жылы университет құрамынан педагогикалық институттың бөлінуі кезінде факультетке 3 мамандық «Биология», «Химия» және «Экология және табиғатты пайдалану» берілді. 

2006 жылы факультет құрамынан «Зоотехния» және «Азық-түлік өнімдерінің технологиясы» мамандықтары бөлінді, олар ветеринарлық факультет құрамына беріледі. Факультет деканы болып ауыл шаруашылығы ғылымдарының кандидаты  Жарлыгасов Жеңіс Бахытбекұлы тағайындалады.

2011 жылдан бастап факультетті биология ғылымдарының кандидаты Чехова Татьяна Ивановна басқарады.

Осы уақытқа дейін факультетпен агроөнеркәсіптік кешенде, білім беру саласында, Қазақстан Республикасы мен облыстың мемлекеттік басқару құрылымдарында қызмет етіп жатқан жоғары кәсіби мамандардың үлкен саны дайындалды. 

Агроөнеркәсіптік кешенде ұзақ уақыттан бері Буканов С.Б., Галанин С.М., Дихаев М.К., Яненко К.М., Шебеда В.И., Бердагулов М.А., Кузнецов А.А., Тулеубаев Т.Т. және басқалар қызмет етіп жатыр. 

Аман Е.И. Қазақстан Республикасының ауыл шаруашылығы министрлігінің жауапты хатшысы болып табылады, Нургалиев Ж.М. – ҚР парламент сенатының депутаты, Литовченко В.Г. және Исмуратов С.Б. – ЖОО ректорлары. Факультеттің көптеген түлектері әртүрлі кәсіпорындардың жауапты басшылары мен қызметкерлері болып табылады.